Terminologin har två stora uppsättningar av betydelser, en som används i de empiriska vetenskaperna (både fysiska och sociala) och den andra som används i filosofi, matematik, logik, och över andra områden inom humaniora. Det finns en betydande skillnad och även tvister mellan akademiska discipliner som den korrekta användningar av termen. Vad som följer är ett försök att beskriva hur begreppet används, att inte försöka tala om hur det bör användas. Även om den vetenskapliga betydelsen är den i särklass vanligast i akademiska diskursen, är det knappast den enda som används, och det skulle vara ett misstag att anta från början att en viss användning av ordet "teori" i den akademiska litteraturen eller diskurs en hänvisning till ett vetenskapligt eller empiriskt baserade teori. Trots detta, eftersom användningen av begreppet teori i vetenskapliga eller empiriska undersökning är den vanligare, kommer det att diskuteras först. (Andra sedvänjor följa i avsnittet "Teorier formellt och generellt sett.") En teori i den vetenskapliga bemärkelse, är en analytisk struktur för att förklara ett antal empiriska observationer. En vetenskaplig teori gör två saker: - den identifierar denna uppsättning av olika observationer som en klass av fenomen och gör påståenden om de bakomliggande förhållandena som leder till eller påverkar denna klass.
I den vetenskapliga eller empiriska tradition, begreppet "teori är reserverad för idéer som uppfyller grundläggande krav om vilka typer av empiriska gjort observationer, metoder för klassificering som används, och konsekvensen av teorin i sin ansökan bland medlemmar av den klass som den avser. Dessa krav varierar mellan olika vetenskapliga kunskapsområden, men i allmänna teorier förväntas vara funktionella och sparsamma, dvs en teori bör vara enklast möjliga verktyg som kan användas för att effektivt behandla viss kategori av fenomen. Teorier skiljer sig från teorem: satser härleds deduktivt från teorier enligt ett formellt system av regler, i allmänhet som ett första steg att testa eller tillämpa teorin i en konkret situation. Teorier är abstrakta och begreppsmässigt, och för detta ändamål de är aldrig anses rätt eller fel. De är i stället stöds eller ifrågasätts av observationer i världen. De är "strikt trevande", vilket innebär att de föreslås vara sant men förväntas uppfylla noggrann granskning till svars för möjligheten att felaktig slutsats eller felaktig observation. Ibland teorier är förfalskade, vilket innebär att ett explicit uppsättning observationer motsäger vissa grundläggande antagandet i teorin, men oftast teorier revideras för att överensstämma med nya observationer, genom att begränsa den klass av fenomen teorin gäller eller ändra påståenden. Ibland en teori åsidosättas av forskare eftersom det inte finns något sätt att undersöka sina påståenden analytiskt och kunna fortsätta på i den allmänna föreställningen tills någon form av undersökning finns som antingen vederlägger eller ger tilltro till teorin.
Teorier är analytiska verktyg för att förstå och förklara ett visst ämne. Det finns teorier inom många olika områden av studien och av många olika typer: från rent syntaktiska eller "formella" extrapoleringar av matematik eller logik, till bevisning som styrs konstruktioner typiskt för fysik, med en rationell / moralisk analys finns inom samhällsvetenskaperna och vissa grenar av filosofi, och de tolkande principer som finns i många arenor för konst och humaniora. Teorier är abstrakta och kan konstrueras oberoende av eventuella semantiska komponenter, vilket kan ses i matematik, eller den syntaktiska element kan vara helt underordnad den semantiska dragkraft, som finns i post-modernist, poststrukturalistiska och liknande filosofiska former. Teorier kan uttryckas matematiskt, symboliskt, eller i normalt språkbruk, men i allmänhet förväntas följa principerna för en rationell tanke eller logik. En teori består av enbart sanna påståenden om ämnet i fråga. Dock
sanning någon av dessa uttalanden är alltid i förhållande till teorin. Därför samma förklaring kan vara sant med avseende på en teori, och inte sant i förhållande till en annan.